El Centro Cultural Universitario está ubicado en donde antiguamente se encontraba la facultad de ciencias médicas de la Universidad de San Carlos a finales del siglo XIX e inicios del siglo XX. Se inició su construcción el 20 de octubre de 1864 bajo el mandato del presidente Rafael Carrera. Aunque inicialmente la construcción había sido destinada con otro objetivo finalmente terminó siendo la sede de la escuela de Medicina y el Paraninfo.